В Красной армии с 1920 года. Боевой путь начал политбойцом в 46-й стрелковой дивизии, затем был на партийно-политической работе в 3-й Крымской стрелковой дивизии. Участвовал в боях на Южном фронте против генерала П. Н. Врангеля. В июне 1941 года Михаилу Ильичу присвоено звание генерал-майора.

Вскоре после начала Великой Отечественной войны М. И. Казаков был назначен начальником штаба 53-й отдельной Среднеазиатской армии, которая по соглашению между СССР, Великобританией и Ираном вводилась в последнюю из названных стран для предотвращения возможных диверсий на южных границах Советского Союза. С января по июль 1942 года он начальник штаба Брянского, а с июля 1942 года по февраль 1943 года – Воронежского фронтов.

С января 1944 года и до окончания войны М. И. Казаков командует 10-й гвардейской армией. Под его командованием армия штурмом берет г. Мадона, захватывает крупный узел дорог Резекне, участвует в освобождении Риги и разгроме курляндской группировки противника. Михаил Ильич — участник Парада Победы, состоявшегося 24 июня 1945 года, и торжественного приема в Большом Кремлёвском дворце по случаю этого события. В 1978 году генералу армии было присвоено звание Героя Советского Союза. В последующие годы занимал высокие командные должности. В 1965–1968 годах возглавлял штаб Объединённых вооружённых сил стран — участниц Варшавского договора.

Ушел из жизни в 1979 году. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.